Antolaketaren Egitura
Guggenheim Bilbao Museoaren Fundazioaren gobernu-organo gorenak Patronatua eta Batzorde Betearazlea dira. Bestalde, eguneroko jarduna kudeatzeko, Guggenheim Bilbao Museoan hainbat arlo daude.
Patronatua
Patronatua osatzen dute Babesle Fundatzaileen ordezkariek —Eusko Jaurlaritza, Bizkaiko Foru Aldundia eta The Solomon R. Guggenheim Foundation— eta Babesle ez fundatzaileek. Patronatuaren presidente da Eusko Jaurlaritzako Lehendakaria.
Batzorde Betearazlea
Batzorde Betearazlea Babesle Fundatzaile bakoitzaren bi ordezkarik, Bilboko Udalaren ordezkari batek eta Babesle ez fundatzaileen lau ordezkarik (gehienez) osatzen dute. Batzorde Betearazlearen presidente da Bizkaiko Ahaldun Nagusia.