Estructura organizativa
Los máximos órganos de gobierno de la Fundación del Museo Guggenheim Bilbao son el Patronato y el Comité Ejecutivo. Por su parte, para llevar a cabo su operativa diaria, el Museo Guggenheim Bilbao consta de diversas áreas de actividad
Patronato
El Patronato está compuesto por representantes de los Patronos Fundadores —Gobierno Vasco, Diputación Foral de Bizkaia y The Solomon R. Guggenheim Foundation—, así como por los Patronos no fundadores. Preside el Patronato el Lehendakari del Gobierno Vasco.
Comité Ejecutivo
El Comité Ejecutivo está compuesto por dos representantes de cada uno de los Patronos Fundadores, uno del Ayuntamiento de Bilbao y hasta cuatro en representación de los Patronos no fundadores. Preside el Comité Ejecutivo el Diputado General de Bizkaia